Le nouveau concept nourrit des travaux scientifiques. Il concerne un hôte (humain, animal, plante) et tous ses microbes (microbiote).
L’Inrae s’intéresse désormais à ce tout, puisque les parties sont liées et interfèrent les unes avec les autres. Ainsi, les microbes de l’intestin bénéficient des nutriments qui y transitent et produisent des molécules qui ont un impact bénéfique sur le système immunitaire de l’hôte. Il résistera alors, à d’autres microorganismes pathogènes.
De même, les bactéries présentes dans les racines des légumineuses bénéficient de sucres produits par la plante et favorisent sa croissance en lui fournissant de l’azote. Le tout étant impacté par les autres microbes présents à proximité et par les conditions environnementales.
Cependant, cette approche globale est complexe, car elle prend en compte un grand nombre de paramètres. Elle est devenue réalisable grâce aux progrès de la science et notamment à l’analyse de big data.
L’intérêt est de comprendre le fonctionnement d’un holobionte, pour pouvoir ensuite le modifier, l’améliorer ou le piloter.
Afin de comprendre son fonctionnement, INRAE a lancé en 2019 le programme transversal appelé HOLOFLUX : « Holobiontes et flux microbiens au sein des systèmes agri-alimentaires ». Son objectif est d’arriver à une meilleure connaissance, d’une part des interactions au sein des holobiontes, entre microbiotes et hôtes, et d’autre part des flux de microorganismes entre les holobiontes et dans l’ensemble du système agri-alimentaire. Pour finalement arriver à les maîtriser et les utiliser comme leviers à des fins de performance, de durabilité et de préservation de la santé humaine, animale et végétale.