Mais oui : nous sommes vraiment totalement habités et nos différents organes sont largement aidés par une flore spécifique.
Nous connaissons peu notre microbiote pulmonaire, car il est difficile à étudier. Faible biomasse, risque de contamination des prélèvements et variation de sa composition dans le temps.
On sait que la diversité du microbiote respiratoire est plus faible que celle du microbiote intestinal. Cependant, ils évoluent sous l’influence notamment du mode d’accouchement, de l’allaitement, de la prise d’antibiotique. Apparemment, le microbiote pulmonaire se stabiliserait vers 3-5 ans.
Son équilibre peut devenir fragile…
L’équilibre des communautés microbiennes (eubiose) est un équilibre entre les espèces commensales et les pathobiontes qui stimulent le système immunitaire. Il est prêt à réagir en cas d’infection. Cette eubiose est sous l’influence de facteurs génétiques, géographiques, alimentaires, mais également du cycle circadien et des médicaments (antibiotiques ou autres). Si le microbiote intestinal présente naturellement une capacité de résilience, en revanche, il n’en est pas de même pour le microbiote pulmonaire.
Associée à la présence d’un ou plusieurs pathogènes ou pathobiontes et à une augmentation de la diversité et de la charge bactérienne, il pourra évoluer vers une augmentation de la production de mucus et à la formation de biofilms microbiens.
Le microbiote pulmonaire est-il délaissé ?
Biomasse et facilité d’exploration sont deux critères qui contribuent à expliquer pourquoi le microbiote intestinal bénéficie de plus de recherches. Cependant, la mise en évidence d’un axe intestin-poumon laisse supposer que les dysbioses intestinales pourraient avoir un retentissement sur le poumon. Des études ont par ailleurs montré une association entre la dysbiose intestinale et l’asthme ou la rhinite allergique. Sans pour autant encore distinguer la cause de la conséquence.
Médicaments et microbiote une relation à double sens ?
De plus, une étude a évalué l’impact de 1 200 médicaments sur le microbiote. Elle montre que 78 % des antibiotiques ont un effet sur les bactéries intestinales (même lorsque ce n’est pas leur rôle principal). Plus, 24 % des médicaments à visée humaine ont une activité sur la flore commensale (notamment les anti-inflammatoires non stéroïdiens, les inhibiteurs de la pompe à proton). Enfin, la recherche démontre que certains médicaments pouvaient modifier l’équilibre du microbiote. Inversement, le microbiote lui-même peut modifier l’efficacité et la toxicité de certains traitements médicamenteux.
Autant dire que la recherche a encore beaucoup de choses à explorer au sujet du microbiote, ou plutôt des microbiotes.
Congrès de Pneumologie de Langue Française – 27-29 janvier 2023- Marseille ; Samedi 28 janvier 2023 – Session Plénière – Microbiote : réalité à explorer ? Intervention de Patricia Lepage, Le concept de microbiote : où en est-on ?